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文献检索:
  • 山黧豆神经性中毒机理的研究进展
  • 山黧豆(Lathyrus sativas L.)是优良的旱地作物种质资源,但长期过量食用会导致人畜神经性山黧豆中毒(neurolathyrism)。山黧豆中毒是一种发生在人类和动物中的神经退行性疾病,在发展中国家(如印度、孟加拉国、巴基斯坦、尼泊尔、埃塞俄比亚和我国西北等地区)时有发生,但其细胞及分子机理尚不明确。研究山黧豆中毒的致病机理对防止山黧豆中毒和中毒后的有效治疗具有重要意义。已有的研究表明,β-N-草酰-L-α,β-二氨基丙酸(β-N-oxalyl-L-α,β-diaminopropionic acid,β-ODAP)为主要致病毒素,其可通过干扰谷氨酸的正常功能、破坏神经细胞内钙稳态、加剧氧化胁迫并破坏线粒体的功能等来诱发神经细胞损伤或死亡,阻断交感神经对肌肉的控制,最终导致人下肢或动物后肢肌肉萎缩和不可逆瘫痪。文章综述了近年来神经性山黧豆中毒的机制研究,对今后的研究提供参考和借鉴。
  • 秀丽线虫硬脂酰辅酶A去饱和酶的研究进展
  • 硬脂酰辅酶A去饱和酶(stearoyl-co A desaturase,SCD),也称为Δ9去饱和酶,是脂肪合成的关键酶。SCD在饱和脂肪酸(saturated fatty acids,SFAs)棕榈酸(palmitic acid,C16:0)和硬脂酸(stearic acid,C18:0)的第九和第十位碳原子间引入一个双键,分别将它们催化为单不饱和脂肪酸(monounsaturated fatty acids,MUFAs)棕榈油酸(palmitoleic acid,C16:1n-7)和油酸(oleic acid,C18:1n-9)。大量的研究表明,饱和脂肪酸与不饱和脂肪酸的正常比例对维持生物膜的流动性、信号传递、能量平衡等非常重要。SCD的表达和活性受到环境、激素、饮食及多种转录因子的影响和调控,与肥胖、糖尿病、心脑血管疾病、癌症及其它代谢性疾病相关。近几年来,秀丽线虫(Caenorhabditis elegans)成为研究脂代谢调控广受欢迎的模式动物。秀丽线虫具有三个编码SCD的基因:fat-5、fat-6和fat-7,与其它物种的scd基因具有高度同源性和保守的生物学功能,影响秀丽线虫的生长、发育、抗逆境和能量平衡等。文章主要综述了近几年来秀丽线虫SCD的相关研究进展,并对SCD未来研究的方向进行展望。
  • 创伤后应激障碍患者脑固有连接网络研究
  • 采用静息态功能磁共振成像方法,探索创伤后应激障碍(post-trauma stress disorder,PTSD)患者脑固有网络的功能异常情况。应用独立成分分析方法,提取14名PTSD患者和性别年龄均匹配的14例健康被试的脑固有连接网络。两样本检验的结果显示,PTSD患者组较健康对照组的高级认知网络有不同程度的改变。其中,默认模式网络的后扣带回、楔前叶和右侧角回功能连接呈现降低趋势;背侧注意网络和自我参考网络的功能连接呈现升高趋势,主要包括左侧顶下小叶和内侧前额叶(P〈0.05)。静息态下PTSD患者高级认知网络脑区之间的连接效能异常可能同其认知功能损害有关,这些异常在PTSD的病理机制中可能发挥了重要作用。
  • 基于二元网络异步重启随机游走算法预测肺癌风险致病基因
  • 肺癌致病基因的发现及预测有助于认识肺癌的发生机理、诊断与防治,是人类基因组研究的重要目标。应用现有二元网络重启随机游走算法预测致病基因时,一般先在疾病表型网络、蛋白质作用网络及疾病-蛋白质二分图网络内随机游走一步,然后进行网络间跳转,这种策略不仅搜索效率较低,还可能遗漏蛋白质(或疾病)网络中的局部拓扑信息。鉴于此,作者提出一种二元网络异步重启游走(asynchronously random walk with restart,ARWRH)算法,构建疾病表型-蛋白质异构网络,深层次挖掘潜在肺癌风险致病基因。ARWRH算法首先在疾病表型网络、蛋白质作用网络及疾病表型-蛋白质二分图网络内随机游走不同步数,然后进行网络间跳转,迭代形成稳态概率向量,从而获得候选致病基因。仿真实验表明,ARWRH算法可有效预测肺癌潜在风险致病基因,多数预测结果获得了文献证据支持。
  • 基于密度聚类和社区探测的蛋白质相互作用热区的预测方法
  • 在蛋白质相互作用基础上,热点残基有聚集在一起形成模块的倾向,这样的模块被定义为热区。热区对揭示生物体的生命活动起着重要的作用,因此,如何有效而精确地对热区进行预测,是一个重要的研究方向。作者结合热区空间密度普遍大于非热区空间密度的特性,先采用聚类算法得到簇集,而后利用相关计算模型得到的结合自由能值过滤掉簇中非热点残基及某些不符合条件的簇。最后,使用社区探测技术处理过滤后的簇集,从而得到最终的预测热区。实验结果显示该热区预测方法具有较好的预测效果。
  • 人类1号染色体DNA序列8-mer的相对模体数分布及8-mer使用的进化分离
  • 以人类1号染色体DNA序列为样本,分别计算了CDS、5'UTR、3'UTR、内含子和基因间五类序列中8-mer出现的频数,并得到8-mer相对模体数随频数的分布。发现内含子和基因间序列是明显的三峰分布,CDS是单峰分布,5'UTR和3'UTR是近似单峰分布。为了揭示这些分布出现差异的原因,将8-mer集合按照8-mer中包含两个或两个以上某二核苷酸(XY2)、包含一个某二核苷酸(XY1)和包含0个某二核苷酸(XY0)进行分类。发现16种分类中,只有CGj分类的三个子集分别形成独立的单峰分布。表明DNA序列是由三类CGj子集组成的,它们出现的频数是独立进化的结果;实际的8-mer频数分布是这三个CGj频数分布的叠加;由于这三个分布的距离不同,才造成了五类序列中8-mer分布的差异。对五类序列CGj三个子集中二核苷酸和三核苷酸出现的相对频数进行分析,发现CG2模体的相对频数在五类序列中基本相同,CG1模体的相对频数可将五类序列明显区分,CG0模体的相对频数可将编码序列和非编码序列明显区分。总之,CGj模体集合在DNA序列的组成上具有特定的规律性,在DNA序列进化上扮演了重要的角色。
  • 可变剪接与蛋白质结构多样性
  • 研究可变剪接和蛋白质结构多样性之间的相关性,对于理解可变剪接的功能具有重要意义。已有研究支持可变剪接增加蛋白质结构多样性的观点,但可变剪接影响蛋白质结构的程度、机制等还尚未阐明。作者基于具有确定三维结构的可变剪接蛋白质变体数据,从蛋白质结构差异和结构稳定性两个方面对致病和非致病的可变剪接蛋白质变体对进行了比较分析;通过建立实际可变剪接变体集和随机可变剪接变体集,并定义蛋白质的多样性增量(increment of diversity,ID)和疏水非均一性(hydrophobic non-uniformity,HI),研究了可变剪接发生的非随机性。结果表明:现有的多数可变剪接事件与随机剪接相比,倾向于增加蛋白质结构多样性;产生结构差异较大蛋白质的可变剪接事件倾向于导致疾病的发生。作者还提出了正负选择压力的动态平衡假说解释这一现象,认为与生命活动相联系的正选择压力促使增加蛋白质结构多样性的可变剪接事件在群体中固定,但反向的负选择压力约束着可变剪接改变蛋白质结构的尺度,细胞中现有的可变剪接正是这两种正负选择压力之间保持动态平衡的结果。
  • 《生物物理学报》改版启事
  • 《生物物理学报》中文版创刊于1985年3月,是中国生物物理学会会刊,也是我国唯一的生物物理学专门期刊,由中国生物物理学会与中国科学院生物物理研究所联合主办。《生物物理学报》中文版迄今已走过30个春秋,成为了国内生物物理学领域的重要学术交流平台,见证了生物物理学科在我国的发展,也为促进我国生物物理学的发展做出了应有的贡献。
  • [综述]
    山黧豆神经性中毒机理的研究进展(谭瑞玥;熊俊兰;胡文涛;朱浩;孔海燕;Shiv Kumar Agrawal;Asfa Batool;熊友才)
    秀丽线虫硬脂酰辅酶A去饱和酶的研究进展(胡英[1,2];肖丽霞;梁斌)
    [研究论文]
    创伤后应激障碍患者脑固有连接网络研究(赵翠花[1,2];陶玲;钟元[2,3];张志强;戚荣丰;黄清玲;周晖;卢光明)
    基于二元网络异步重启随机游走算法预测肺癌风险致病基因(张松瑶[1,2];张绍武[1,2])
    基于密度聚类和社区探测的蛋白质相互作用热区的预测方法(叶静;张晓龙)
    人类1号染色体DNA序列8-mer的相对模体数分布及8-mer使用的进化分离(周德良;李宏;杨小希)
    可变剪接与蛋白质结构多样性(李敏;刘国庆[1,2];蔡禄[1,2])
    [其他]
    《生物物理学报》改版启事
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