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文献检索:
  • 国家网格主节点超级计算环境应用特征分析
  • 中国国家网格作为重要的计算基础设施,已经应用于科学研究、气象预报、油气勘探、生物制药、交通运输和航空制造等领域。国家网格主节点(中国科学院超级计算中心和上海超级计算中心)超级计算环境在网格应用发展中发挥着重要的作用。本文从计算能力、作业计算规模、科研成果、用户群体、服务支撑体系、用户服务模式和经费来源结构七个维度,以实际业务数据为支撑,分析了国家网格主节点超级计算环境应用特征。分析结果表明,南北主节点超级计算环境的应用特点鲜明,较好地体现了国家网格环境建设布局与应用需求的对接;国家网格有力彰显了其对科学研究和技术创新的计算服务支撑能力。该分析对于国家网格环境的可持续发展决策、高性能计算发展规划、其他超级计算中心建设与应用发展等具有参考价值。
  • 中国科学院ARP发展的思考与展望
  • 本文讨论了中国科学院科学资源规划(ARP)产生的背景、现状及未来发展方向。通过分析对比ARP与ERP的差异,阐明ARP通过管理创新保障科技创新、实现科学院战略目标的基本理念,指出ARP作为科学院管理创新的平台,需要深入研究科学管理如何与信息技术结合,管理方法要怎样与科研院所的特点相适应的问题。总结了ARP一期与二期建设的成果、进展和存在的问题,探讨了ARP进一步发展的方向。指出ARP承载的管理思想与程序本身还需要不断地完善与扩充,还应在管理与服务创新上有大的突破,同时在资源管理的范围、能力和模式上有大的变化与提升,通过不断深化应用充分展现其价值。
  • 基于B/S架构的数据在线可视化质量控制分析
  • 针对基于Web的科学数据共享平台中时间序列的科学数据,提出了基于B/S架构的两阶段数据质量控制的分析方法:(1)数据入库前常规质量控制,包括初步的数据整理,实现结构统一、格式一致的观测资料入库管理,完成数据一致性检验等;(2)基于可视化的在线数据质量控制。根据数据请求,在线提供极值检验法、36检验法、Dixon准则、Grubbs准则异常值检测方法,建立可视化图表展示的数据质量控制方法。该方法可支持数据核对和数据异常点剔除,使用户直观形象地了解数据整体、掌握时间变化规律及数据问的内在联系。
  • 面向科学数据的搜索引擎voovle
  • 科学研究产生的科学数据资源日益激增,仅在中国科学院科学数据库“十一五”信息化建设中整合全院科学数据库形成的共享数据量就多达148TB。为了充分发挥这些共享科学数据的价值,结合科学数据的专业特点,提供一套跨库统一检索、不同领域科学资源关联及发现的搜索工具,具有重要的实用价值。本文阐述面向科学数据搜索引擎voovle提出的背景、面,临的问题,重点介绍了voovle的功能与实现,详述元数据模型等几项关键技术。最后通过案例介绍了voovle目前的应用情况、存在的不足以及下一步的发展方向等。
  • 众核GPU上双调归并排序的优化
  • 编写了基于OpenCL的双调归并排序程序,保留了双调归并排序算法消耗存储空间小的优点,利用算法中数据局部性特点减少程序中CPU同步的次数,使用向量计算以提升ALU使用率,并对读写访存进行了优化。程序能够运行于支持OpenCL和向量计算的显卡和处理器上。不统计PCI—E总线数据传输时间,2^23规模的整数排序的性能在HD6870显卡上能达到O.276GB/s。
  • 基于动态迁移的虚拟机实时备份机制研究
  • 虚拟机是近年来的学术研究热点,其为客户操作系统提供了底层物理机器的抽象,是构成虚拟计算环境的核心之一。本文介绍了虚拟机的实时备份机制,依据动态迁移模式,研究了记录与重放、连续检查点、直接存取三种不同的虚拟机实时备份方法。本文比较了三种模式的优缺点,总结了存在的问题,并探讨了未来的发展趋势。
  • 超级计算机机房搬迁策略与实践
  • 本文总结了中国科学院上海高等研究院筹建基地的超级计算机搬迁工程的策略以及工程实践中的方法,重点提出了最小时间保证和超级计算机描述。希望为超级计算机或高性能计算中心,以及类似的数据中心的设计,建设和搬迁提供可借鉴的经验。
  • 分子动力学模拟方法研究蛋白质与纳米颗粒的相互作用
  • 分子动力学方法是基于分子力场,通过数值求解牛顿动力学方程来模拟原子与分子运动的计算机模拟方法。利用分子动力学能模拟分子系统与时间相关演化轨迹,研究分子系统的热力学与动力学性质。随着计算机技术的高速发展,分子动力学模拟被广泛的应用于生物分子与纳米材料研究。本文以单壁碳纳米管与WW蛋白结构域为例,介绍如何使用分子动力学模拟研究蛋白质与纳米颗粒之间的相互作用。研究发现,单壁碳纳米管能够插入到蛋白质的核心中,且正好阻挡了YAP65WW蛋白结构域的功能位点,从而可能导致YAP65WW蛋白结构域功能的丧失。结果表明,分子动力学模拟提供了一种全新的从分子层次上研究纳米颗粒毒性机制的方法。
  • 中国近海海洋科揪研究网络
  • 中国科学院中国近海海洋观测研究网络主体由数十个海洋观测浮标系统构成,它们散布在中国近海,可进行海洋要素的长期连续定点观测。为了实时了解海洋环境动态变化信息,需要将观测数据实时传回位于陆地的陆基支撑数据接收站,以便科学家进行数据处理和分析。实时数据传输采用GPRS和CDMA无线通讯方式与“北斗”卫星通讯方式,形成了一个覆盖中国近海的多方式大范围数据传输网络,实时的将观测浮标系统观测数据和状态信息传送到陆基支撑数据接收站,在陆基站编制安装了数据接收软件,将实时观测数据予以接收和显示。另外,为了更好的发挥数据功效,需要对原始数据进行整理入库,形成初级数据产品,并进行网络信息发布,建立数据共享机制。这里采用成熟的数据库软件,建立了实时数据库和延时数据库,它们具有丰富的数据查询功能,同时建立了基于Internet的数据信息发布与交流系统,可向科学家、政府决策者、海水养殖企业和公众用户等提供不同层次的数据信息产品服务,并为其提供一个信息交流平台。
  • 摄影定位法野外生物考察与数据管理
  • 以获得原始现场观测数据为目标的野外生物考察是生物与环境相关研究领域的基础.Y-作。传统的野外考察通过纸笔进行记录,需要采集腊叶标本等凭证材料,然后通过标本馆和卡片进行资料管理,工作量较大,效率不高。本文介绍了在“自然博物馆”生物多样性信息系统支持下,集成应用全球定位系统、数码摄影、生物多样性信息学网络平台等最新技术形成的摄影定位法野外考察与数据管理技术,实现了野外工作流程的简化和数字化,实现数据管理和协作的信息化,能提高工作效率,降低工作强度,是生物野外考察的有效方法。
  • 基于网格环境的指纹自动识别系统
  • 为了能够适应公安系统的行政结构,达到充分利用资源和实现资源的合理化配置,在分析现有的两层架构的指纹自动识别系统的基础上,加入了网格服务层(Grid Service),形成一个三层架构的指纹自动识别系统,即基于网格环境的指纹自动识别系统。本系统将全国的指纹比对系统作为整体来统一考虑,利用网格技术,对其进行整合,从而形成一个比对资源池,对外提供高性能、稳定、可靠的服务。最终建立起至少覆盖有部、省、地市或更多级别的指纹自动识别系统。
  • 美国NSF发布《改变信息时代的科学行为》报告
  • 美国国家科学基金会(NSF)于2010年11月12日召开“改变信息时代的科学行为”研讨会,旨在促进数据访问和开放数据平台技术解决方案发展等政策领域的国际合作。之后,NSF于2011年8月发布《改变信息时代的科学行为》报告,提出:由于数字技术为科学家提供了创造科学信息以及沟通、复制和再利用科学知识及数据的新方法,当前的科学正朝向计算型、数据密集型和协作型方向发展;这些数字技术还为国际资助机构推动科学协作,促进科学信息的复制及再利用创造了重要机遇。
  • 英国信息化基础设施咨询小组发布研究报告
  • 2011年7月13日,英国研究理事会总会(RCUK)发布了信息化基础设施咨询小组(e—IAG)完成的报告。该报告主要对RCUK在2009年发布的科研信息化国际综述和2010年发布的研究与创新信息化基础设施报告中提出的行动与建议进行了研究,为未来的集成式信息化基础设施设计了大体结构,并为达成这一目标提供了相关建议。
  • 《科研信息化技术与应用》征稿启事
  • 《科研信息化技术与应用》是中国科学院计算机网络信息中心、科学出版社共同主办的一份综合性、学术性刊物,旨在反映当前世界范围内科研信息化技术与应用的最新发展现状,
  • [e-Science论坛]
    国家网格主节点超级计算环境应用特征分析(迟学斌[1] 王普勇[2] 常红旭[1] 王涛[2])
    中国科学院ARP发展的思考与展望(金雅芬)
    [e-Science技术]
    基于B/S架构的数据在线可视化质量控制分析(敏玉芳[1,2] 张耀南[1,2] 冯克庭[1,2] 赵雪茹[1,2] 康建芳[1,2])
    面向科学数据的搜索引擎voovle(李成赞 沈志宏 黎建辉)
    众核GPU上双调归并排序的优化(阚圣哲 曹宗雁)
    基于动态迁移的虚拟机实时备份机制研究(李建彬)
    超级计算机机房搬迁策略与实践(伊露 许春玲 宋应文)
    [e-Science应用]
    分子动力学模拟方法研究蛋白质与纳米颗粒的相互作用(左光宏[1,2])
    中国近海海洋科揪研究网络(任建明 陈永华 刘长华)
    摄影定位法野外生物考察与数据管理(陈彬[1] 陈建平[2] 马克平[1])
    基于网格环境的指纹自动识别系统(吴响[1,2] 肖海力[1] 王彦桐[1] 迟学斌[1] 冯才刚[3] 吴春生[3])
    [资讯观察]
    美国NSF发布《改变信息时代的科学行为》报告(田倩飞[编译] 郎杨琴[编译])
    英国信息化基础设施咨询小组发布研究报告(张娟编[译])

    《科研信息化技术与应用》征稿启事
    《科研信息化技术与应用:中英文》封面

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